Potrivit documentelor, Mănăstirea Neamţ fiinţă în veacul al XIV-lea ca organizaţie călugăreasca ortodoxă; începuturile ei sunt mult mai vechi, dar cercetătorul nu poate stabili, pe baza izvoarelor istorice cunoscute până acum, cine a întemeiat această mănăstire, în ce împrejurări şi când anume. Cel dintâi domnitor moldovean care, cum atestă documentele, a dăruit Mănăstirii Neamţ sate şi moşii este Petru Mușat. Acesta a zidit Cetatea Neamţ, a integrat-o definitiv în sistemul de apărare al ţării şi, potrivit unei tradiţii puternice, tot el ar fi clădit la Mănăstirea Neamţ, pe locul vechiului schit de lemn, o biserică de piatră, care a fost înconjurată de urmaşii săi în scaunul Moldovei cu chilii călugăreşti, diferite clădiri, turnuri şi ziduri de apărare. Pe latura dinspre vest a patrulaterului – incinta, la mijloc, străjuieşte turnul clopotniţă, străbătut la bază de gangul boltit al intrării. Partea inferioară a turnului clopotniţă este zidită, probabil, pe vremea Domnitorului Alexandru cel Bun (1400-1432), iar cele două părţi superioare, mai târziu. O parte din bolta semicilindrică a gangului – aceea dinspre răsărit – este acoperită cu picturi reprezentând scene inspirate din vechiul roman popular „Varlaam şi Ioasaf”. Unele scene în care apar: o clădire asemănătoare cu biserica zidită la Mănăstirea Neamţ de Ştefan cel Mare, un tânăr principe, care, seamănă cu domnitorul ctitor şi unele costume caracteristice veacului al XV-lea au condus pe unii la concluzia că această pictură ar fi din veacurile XV-XVII.
Clădirile incintei, aşa cum se prezintă ele astăzi, datează din veacurile XVIII-XIX. Diferite însemnări, din care unele pe piatră, arata că înainte de veacul al XVIII-lea au existat alte clădiri: o trapeză şi cuhnie (bucătărie) zidite de Alexandru Cornea (1540), o clisiarniță zidită de Ilias (1546-1551), chilii şi turnuri, înălţate de diferiţi domnitori şi ierarhi moldoveni, care din cauza unor incendii, unor prădăciuni şi unor întâmplări dureroase s-au ruinat. O dată cu veacul al XVIII-lea, a început, prin osârdia vieţuitorilor mănăstirii, acţiunea de reconstrucţie şi reînnoire.
În anii 1958-1961, a fost reconstruită, între chiliile de pe latura de est, biserica Sfântul Gheorghe. Acest lăcaş fusese zidit, la începutul veacului al XIX-lea, pe locul unde altădată Petru Musat înălţase cea dintâi biserică din piatră. Deoarece biserica din veacul al XIX-lea ştirbea măreţia şi frumuseţea ctitoriei lui Ştefan cel Mare, s-a hotărât reconstruirea ei în mijlocul laturei de est a incintei manăstireşti. Vechile temelii ale bisericii Sfântul Gheorghe, ca şi cele ale altor vechi clădiri din incinta, sunt marcate prin linii de piatră. În jumătatea dinspre nord a curţii interioare, domina maiestuos monumentala biserică Înălţarea Domnului. Împrejurări şi fapte necunoscute – un cutremur, poate cel din 1471, un incendiu sau un atac vrăjmaş – şubreziseră grav cel dintâi locaş de piatră din Mănăstirea Neamţ, zidit de Petru Mușat. Slăvitul Voievod Ştefan, de numele căruia sunt legate atât de multe biserici şi mănăstiri, atât de mari înfăptuiri, nu putea trece cu vederea cea mai importantă mănăstire din Moldova. De aceea în ultimul deceniu al veacului al XV-lea, el a zidit locaşul care prin planul şi liniile sale măiestrit proporţionate, ca şi prin bogata şi variata decoraţie a faţadelor, uimeşte pe cel ce se găseşte în faţa lui.
„Pisania”, în limba slavonă, fixată pe faţada de miazăzi a pronaosului, este deplin concludentă cu privire la ctitorul bisericii şi la timpul când a fost ea zidită: „Doamne Iisuse Hristoase, primeşte acest hram, care s-a zidit cu ajutorul Tău întru slavă sfintei şi slăvitei de la pământ la cer înălţare a Ta şi Tu stăpâne acopere-ne cu mila Ta de acum şi până în veac. Io Ştefan Voievod a binevoit şi a început şi a zidit acest hram pentru rugăciunea sa şi a Doamnei sale Maria şi a fiului său Bogdan şi a celorlalţi fii ai săi şi s-a sfârşit an anul 7005 iar al domniei sale anul patruzeci şi cel dintâi curgător luna lui noiembrie în 14 „(1497). Între celelalte ctitorii ale marelui Ştefan, biserica Înălţarea Domnului de la Mănăstirea Neamţ „este cel mai interesant şi mai reprezentativ monument al arhitecturii vremii, atât ca plan şi structură interioară, cât şi ca mod de decorare a faţadelor”. Planul trilobat al unor biserici de pe vremea domnitorului este mărit însă şi îmbogăţit prin adăugarea unor încăperi noi: pridvorul amplasat în faţa intrării dinspre vest şi gropniţa sau încăperea mormintelor între pronaos şi naos.
Arhitectura şi bogatia plastică decorativă exterioară adăugă monumentului o măreţie impunătoare. Un soclu, cu două lărgiri succesive formează postamentul puternic din blocuri mari din piatra de talie, deasupra căruia se înalță pereţii zidiţi până la două treimi din înălţime cu bolovani de râu şi piatră mai măruntă. De la acest nivel până la cornişa de piatră de sub streaşină, paramentul este lucrat în zidărie de cărămidă. Pe porţiunea aceasta a paramentului sunt două rânduri de ocniţe – cele de jos, mai mari, iar cele de sus, mai mici – deasupra cărora se desfăşoară o bogată friză de ceramică smălțuită, compusă din discuri, romburi şi triunghiuri împodobite cu motive vegetale şi geometrice. La elementele de policromie ale faţadelor se adăugă brâiele şi pilaştri de cărămidă smălțuită dispuse în câmpul zidăriei, atât în frize care înconjoară monumentul cât şi în formă de colonete, precum şi picturile în frescă ce se mai păstrează în unele ocniţe. Faţadele absidelor, în partea lor inferioară, sunt decorate cu firide alungite până la soclu. Cunoscutele contraforturi ale arhitecturii moldoveneşti sunt orânduite simetric în jurul monumentului: două dispuse în unghiurile vestice şi câte unul de o parte şi de alta în dreptul arcului median al pronaosului, în dreptul încăperii mormintelor şi în dreptul proscomidiarului şi diaconicului şi, în sfârşit, unul mic în axul absidei răsăritene. Ferestrele prin care pătrunde lumina în camera mormintelor, naos şi altarul bisericii, în decursul timpului, au fost lărgite şi mărite, dar cu prilejul lucrărilor de restaurare din 1958-1961 li s-a dat forma originară. Turla, de formă octogonală, cu patru ferestre şi patru contraforturi, se înalţă pe două baze suprapuse, prima cu opt laturi iar a doua de formă stelată cu opt vârfuri. Atât bazele cât şi faţadele turlei sunt decorate cu ocniţe, firide, discuri şi cărămizi smălțuite.
În a doua jumătate a veacului al XVI-lea, sau mai târziu, a fost adăugat lângă altar, spre miazăzi, un veşmântar, care în ansamblul planului clădirii înscrie o notă discordantă, dar fiind interesant din punct de vedere arhitectural, cu prilejul ultimelor lucrări de restaurare, a fost menţinut. Acoperişul, care în decursul timpului a suferit destule modificări, a fost restaurat pe corpuri separate în timpul lucrărilor din 1953-1961. El are acum forma pe care o avea în unele gravuri vechi. În pridvorul bisericii se pătrunde prin două uşi dispuse faţă în faţă pe laturile de sud şi nord ale acestei încăperi. Cadrele simple ale acestor uşi se încheie la partea superioară prin arcuri în acoladă. Cele cinci ferestre – trei spre vest şi câte una pe laturile de sud şi nord – au ancadramente de factură gotică. Această încăpere este acoperită de o calotă semisferică sprijinită pe arcuri oblice caracteristice arhitecturii moldoveneşti. Trecerea în pronaos se face printr-un mare portal la care se disting torurile încheiate în arc frânt. Spre deosebire de pridvor, pronaosul este supraînălţat şi înscrie în planul clădirii un dreptunghi. Deasupra este boltit cu două calote despărţite printr-un arc median. Pentru micşorarea diametrului fiecărei calote, meşterii s-au oprit la o formulă ingenioasă: două rânduri de arcuri oblice suprapuse. În cele patru unghiuri ale încăperii cum şi la mijlocul pereţilor laterali „se înălța câte un pilastru încadrat în zidărie, format dintr-un mănunchi de colonete subţiri aşezate pe un soclu înalt şi terminate la nivelul naşterii arcurilor bolţii cu câte un capitel de profile gotice”. Pronaosul şi încăperea mormintelor sunt despărţite printr-un perete cu o deschidere de trecere încadrată „de baghete încrucişate şi muluri gotice săpate adânc în piatră”.
